Les passagers arrivaient en ville en train et passaient la nuit à Marseille dans l'un des grands hôtels luxueux de la Canebière avant de se rendre en bateau de croisière vers leur destination exotique finale. Marseille Saint Charles est aujourd'hui le terminus des lignes de train desservant la plupart des grandes villes de province françaises. C'est aussi l'extrémité sud de la ligne à grande vitesse Méditerrané qui relie Marseille à Paris, via Aix en Provence et Avignon, en un peu plus de trois heures.
À la veille du Nouvel An 1983, le terroriste Carlos déposa une bombe dans un coffre à bagages automatique à Saint-Charles, qui explosa, tuant deux passants. Pendant des années après cet incident, il n'y avait plus de service de dépôt de bagages à la gare, et cela semble peu susceptible de changer à la lumière des récents attentats terroristes perpétrés en France.
Aujourd'hui, le bureau des bagages de gauche ( Consigne ) se trouve sur la plate-forme A. Il comprend des casiers, mais il existe un système de contrôle de sécurité de type aéroportuaire avec un appareil à rayons X tenu par le personnel de la gare. Le guichet Objets trouvés se trouve dans le même bureau. Le poste de police et les seules toilettes (payantes) de la station se trouvent également sur la plate-forme A.